Orion tuotti jätettä vuonna 2009 noin 8 327 tonnia, mikä oli huomattavasti vähemmän kuin kahtena edeltäneenä vuonna. Yhtiö pyrkii vähentämään aivan erityisesti kaatopaikalle menevää jätettä.

Tuotantotoiminnan ja tuotteiden koostumuksen ja luonteen vuoksi valtaosa Orionin tuottamasta jätteestä on sopimatonta tai jopa vaarallista uudelleenkäytettäväksi muulla tavoin kuin polttamalla energiaksi ongelmajätelaitoksen tehokkaissa, riittävän kuumissa lämpötiloissa. Ongelmajätteen osuus on ollut vuosittain keskimäärin yli 80 % kaikesta jätteestä, ja yli 90 % koko vuotuisesta ongelmajätemäärästä syntyy Fermionin tehtailla. Kaikki Orionin ongelmajätteet käsitellään Ekokemin laitoksilla Riihimäellä.

Tyypillisiä ongelmajätteinä käsiteltäviä materiaaleja ovat vaarallisiksi tai haitallisiksi luokitellut orgaaniset ja epäorgaaniset kemikaalit ja seokset, lääkejäte, sytostaattijäte, karsinogeeninen jäte, akut ja paristot, loistevaloputket, halogeenipitoiset liuokset, voiteluöljyt, öljypitoiset kankaat ja suodattimet, elohopeajäte, liima- ja maaliastiat sekä öljysäiliöiden puhdistusjäte ja raskasöljykattilan tuhka.

Indikaattorin ’EN1 Materiaalien käyttö’ yhteydessä mainittujen eräiden Orion Diagnostican tuotteiden valmistukseen käytetyistä radioaktiivisista aineista syntyy vähäiset määrät jätettä, joka käsitellään ja hävitetään Säteilyturvakeskuksen ohjeiden mukaan vanhentamalla ja toimitetaan sen jälkeen joko kuivana jätteenä kaatopaikalle tai ongelmajätelaitokselle, mutta ei radioaktiivisuuden vaan sisältämiensä kemikaalien takia.