Suoraan vesistöön Orionilta ei kulkeudu jätevesiä lainkaan, sillä kaikki Orionin toimipaikoilta ja tuotantolaitoksilla syntyvät jätevedet johdetaan kunnallisiin vesi- ja viemärilaitoksiin joko suoraan tai neutraloituina.

Fermionin Hangon tehdas puhdistaa jätevetensä omassa biologisessa puhdistamossa, josta puhdistetut vedet siirtyvät Hangon kaupungin purkuputkea pitkin mereen. Fermionin jätevedet ovat hyvin typpipitoisia, mutta puhdistuslaitoksen käsittelyssä valtaosa niiden sisältämistä typpiyhdisteistä haihtuu typpenä ilmaan.

Jätevesilaitoksissa puhdistetaan Orionin jätevesiin sisältyvät kiintoaineet sekä biologisesti tai kemiallisesti happea kuluttavat aineet. Orionin jätevesien sisältämä kiintoaineiden määrä on vähäinen, mutta biologisen ja kemiallisen hapenkulutuksen arvot olivat vuonna 2009 vielä korkeita. Tämä johtui lääkevalmistetehtaiden kaasunpesureista jäteveteen tulleista suurista etanolimääristä, jotka ovat peräisin etanolin käytöstä liuottimena tablettien päällystysvaiheessa. 

Orion tarkkailee ja raportoi vesiviranomaisille jätevesiinsä toistaiseksi vielä sisältyviä etanolin määriä. Jätevesiin myös sisältyneitä pieniä metanolin, isopropanolin ja asetonin määriä tarkkaillaan ja raportoidaan.

Liuotinpäästöjen tehokkaampi hallintaan saanti vaatii yhtiöltä vielä investointeja.